Margarida nasceu em Louvain, Flandres, em 1207. Seus pais pertenciam à classe trabalhadora. Desde sua infância ele deu provas de um admirável caráter e de rara modéstia. Sua mãe era uma mulher virtuosa que a criou no amor de Deus. A menina crescia simples e inocente, ao mesmo tempo doce e graciosa, era a alegria de seus pais.
Aquele era um tempo de vida interior, de fé forte. Era a época das peregrinações. As pessoas iam de Roma a Jerusalém, os lugares onde repousavam as relíquias dos santos eram visitados. Muitas pessoas não acreditavam que suas vidas estivessem completas sem antes ir à Terra Santa.
Margarida tinha em Louvain um parente dono, com sua esposa, de uma pousada especialmente destinada ao uso dos peregrinos. Era chamada de São Jorge, e ficava na Rua de la Monnaie, quase diante da Rua de la Librairie. O hoteleiro era conhecido apenas pelo seu nome, Amando, pois naquele tempo o nome de família era coisa rara. Este homem, que tinha sua alma ligada às coisas de Deus, se ocupava somente de obras de caridade. Ele sentia-se muito feliz em hospedar gratuitamente os peregrinos pobres, acreditando ver neles o próprio Jesus Cristo.
Em 1225, Margarida começou a trabalhar para o seu tio Amando. As pessoas chamavam-na de “Margarida, a Intrépida” por causa de sua coragem e sua grande nobreza de caráter, e também por sua seriedade quando abordada por jovens atraídos por sua graça e beleza.
Como os donos da pousada estavam envelhecendo, decidiram ingressar na Abadia de Villers-la-Ville, no Brabante Valão. A piedosa Margarida decidiu que os acompanharia. A pousada foi vendida e eles se prepararam para realizar seus planos. Mas, na véspera da partida alguns peregrinos pediram hospitalidade. Como aconteceu de não haver nada para beber, Margarida foi à procura de vinho. Enquanto isto, os peregrinos, que eram malfeitores disfarçados que pretendiam roubar o que encontrassem, mataram Amando e sua esposa, antes de levar Margarida para fora da cidade. Como ela se recusasse a ceder à paixão de um dos malfeitores, ela foi por sua vez covardemente assassinada e seu corpo lançado no Rio Dyle.
Por aquele tempo Henrique 1º. Duque de Brabante ocupava com sua esposa Maria, filha de Filipe Augusto, Rei de França, o castelo que se erguia sobre a montanha situada perto da porta de Malines, à qual se dá atualmente o nome de Mont-César.
Na noite do crime, o duque estava à janela do seu castelo, sem dúvida para respirar o frescor do ar. Dirigindo seu olhar na direção do rio, ele foi atraído, conforme narra a legenda, por uma claridade que cercava um objeto que boiava na corrente, e ele acreditou ouvir, nas nuvens, vozes de anjos. Ele procurou se informar sobre esta estranha aparição e tomou conhecimento de que era o corpo de uma jovem que as vagas transportavam contra a corrente em direção a Louvain.
O duque ordenou que o corpo fosse retirado da água e fosse colocado na margem do rio. A tradição relata que isto ocorreu perto do Marché-au-Poisson, no local aonde existe atualmente a Rua Craenendonck. Sempre de acordo com a tradição, o corpo exalava um doce perfume. As pessoas consideraram aquilo um milagre. O corpo da jovem mártir foi transportado solenemente para a Igreja de São Pedro.
Margarida tornou-se objeto de veneração popular e muitos milagres lhe foram atribuídos. Traços desta legenda estão ainda presente em Louvain no interior da Igreja de São Pedro.
Em 1905, o Papa São Pio X confirmou o seu culto canonizando-a. Ela é festejada no dia 2 de setembro.
