Nasceu em Fermo, nas Marcas, de família remediada. Com a idade de 20 anos foi entregue aos cônegos regulares de Santo Agostinho, mas depois preferiu passar para a ordem dos frades menores, a fim de satisfazer os seus anseios de vida retirada e penitente. O momento dessa decisão coincidiu com uma época de certa inquietação espiritual da OFM, o clima em que um escritor da mesma região das Marcas e da circunscrição de Fermo escreveu as célebres Florinhas de São Francisco. Por isso o autor das “Florinhas” dedicou algumas narrativas ao Beato João do Alverne, declarando em várias passagens tê-lo conhecido.
No desejo duma maior solidão, frei João separou-se em 1292 dos seus confrades das Marcas e retirou-se para o monte Alverne, onde São Francisco também se recolhera e recebera o dom dos estigmas. O fato de frei João ter vivido muito tempo nesse monte, até à morte, justifica o seu apelido.
Certo dia, estando ele em oração, apareceu-lhe São Francisco, e mostrando-lhe as mãos, os pés e o peito, disse-lhe: <<Aqui tens, meu filho, os estigmas que estavas morto por ver!>>. Depois desta visão que o deixou inundado de espiritual consolação, por três meses gozou também da presença habitual do seu Anjo da guarda, que o ia visitar à cela e lhe falava da paixão do Salvador e da felicidade celeste. No monte Alverne, entre as muitas capelas conta-se a do Beato João, precedida dum murozito que delimita um pequeno espaço.
Várias vezes frei João foi ali visto a passear e a falar com Jesus. Muito compadecido das almas do purgatório, por elas elevava ao Senhor fervorosas orações. Uma ocasião que celebrava por elas uma missa no dia 2 de novembro, enquanto fazia a elevação da hóstia, suplicou a Deus, pelos méritos daquela vítima que segurava nas mãos, que livrasse do purgatório os defuntos; e viu uma multidão de almas a saírem desse lugar de expiação e a subirem ao céu. Era tão esfuziante a alegria que lhe inundava o coração enquanto orava, que chegou a pedir ao Senhor que o privasse dessa doçura.
Os últimos anos da vida dedicou-os ao ministério apostólico. Evangelizou cidades e aldeias da região de Arezzo, percorreu a maior parte do norte e do centro da Itália a converter pecadores e reconduzir hereges ao seio da Igreja. Realizou milagres, teve o dom da profecia e de penetrar nos corações, lendo nos espíritos como num livro aberto, recordava aos penitentes pecados que eles se esqueciam de acusar. Preparava cuidadosamente as pregações no silencio da oração, e por isso podia dizer com sinceridade: <<Ao pregar, estou convencido que quem ensina as verdades divinas não sou eu, mas o próprio Deus que fala em mim>>.
Aos 63 anos, prevendo antecipadamente o momento da morte, apressou-se a regressar de Cortona ao monte Alverne, onde a 9 de agosto de 1322 a sua alma bendita foi receber no céu a recompensa dos trabalhos na terra.