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Madalena nasceu entre 1611 e 1612, em uma aldeia próxima de Nagasaki, no Japão. Desde cedo ela recebeu esmerada educação. Os antigos manuscritos relatam que ela era uma jovem graciosa, delicada e bela. Seus pais eram católicos de nobre linhagem.
Sua infância coincidiu com um período de cruéis perseguições contra os católicos. O ditador Tokugawa Yematsu, budista, decretou uma terrível perseguição contra os católicos em 1614. Com seus sucessores, Hidetada e Yemitsu, essa perseguição tornou-se ainda mais virulenta e cruel, a ponto de em poucos anos quase exterminar a cristandade do Japão.
Os pais e irmãos de Madalena foram martirizados quando ela era ainda pequena. Ela certamente foi também testemunha da morte de muitos outros católicos. É provável que tivesse lido o livro “Exortação ao martírio”, que circulava clandestinamente entre os católicos. Neste livro davam-se conselhos para resistir à ira dos tiranos e eram lembrados os exemplos de crianças frágeis, além de jovens, homens e mulheres, que sofreram com paciência os mais terríveis suplícios por causa da sua féem Jesus Cristo, recebendo assim a glória do martírio.
A oração, a leitura dos livros sagrados e o exemplo de tantos mártires, compatriotas seus, foram fortalecendo o ânimo de Madalena.
Por volta de 1624, chegaram a Nagasaki dois zelosos missionários agostinianos: Frei Francisco de Jesus e Frei Vicente de Santo Antônio. Ambos criaram a Ordem Terceira Agostiniana Recoleta para auxiliá-los no apostolado. Formada por leigos, a Ordem Terceira, hoje denominada Fraternidade Secular, ficava encarregada da catequese.
Atraída pela profunda espiritualidade dos dois missionários, Madalena se consagrou a Deus como Terceira Agostiniana Recoleta, sendo uma das primeiras a entrar para aquela Ordem. Começou o seu apostolado com tanto carinho e abnegação, que foram incontáveis os pagãos que se converteram ao Cristianismo.
Ela consolava os aflitos, animava os fracos, fortalecia os que fraquejavam por causa das perseguições, apoiava os corajosos e esforçados, dava catecismo para as crianças, e arrecadava esmolas para os pobres entre os comerciantes portugueses. Fez várias amigas entre as filhas dos ocidentais que moravam em Nagasaki, as quais muito se edificavam com as suas virtudes, tendo algumas delas relatado suas impressões e lembranças para os primeiros biógrafos da Santa.
Em 1628 a perseguição ficou mais violenta. Como quase todos os católicos de Nagasaki, Madalena se viu obrigada a refugiar-se nas montanhas. Homens e mulheres virtuosos viviam nas grutas e se alimentavam de ervas silvestres. Ali vivia ela na companhia dos demais, amada e querida de todos, mesmo dos pagãos.
Os santos religiosos, Frei Francisco e Frei Vicente, também viviam nas montanhas zelando pelas almas e oferecendo-lhes o conforto dos Sacramentos. Entretanto, ambos foram detidos e passaram vários dias na prisão antes de serem queimados vivos no dia 3 de setembro de 1632.
No dia seguinte, chegaram ao Japão outros dois missionários agostinianos recoletos, Frei Melquior de Santo Agostinho e Frei Martinho de São Nicolau. Estes também foram presos no dia 1° de novembro de 1632 e no dia 11 de dezembro foram queimados vivos a fogo lento, tal como havia acontecido com os Bem-aventurados Francisco e Vicente.
Após a morte desses religiosos, Madalena permaneceu nas montanhas cerca de dois anos dedicando-se ao apostolado, batizando, aconselhando, consolando e fortalecendo os que a procuravam. Numerosos foram os católicos que preferiram morrer a renegar a fé. Infelizmente, muitos também foram os que fraquejaram e apostataram diante do horror dos suplícios.
Desolada e triste pela apostasia destes irmãos e desejosa de sofrer o martírio, Madalena acreditou ter chegado o momento de apresentar-se aos juízes e torturadores para dar exemplo vivo aos católicos.
Vestindo o seu hábito de Terceira e portando um pequeno alforje cheio de livros de santos para meditar e pregar no cárcere, ela se apresentou aos carcereiros e guardas dizendo-se católica e religiosa.
Num primeiro momento os guardas mandaram-na embora, dizendo que sendo ela tão jovem e frágil não poderia suportar os horríveis tormentos a que eram submetidos os religiosos. Contudo, no dia seguinte ela foi presa.
Admirados com sua beleza e comovidos pela sua tenra idade, vendo-a estimada e admirada pelos católicos e também por ser de família nobre e ilustre, os juízes tentaram convencê-la a abandonar a fé através de atenções especiais e promessas as mais diversas, mas tudo foi em vão.
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