Próspero estudou na sua cidade natal, Aquitânia, atual Limoges, França, e logo se tornou escritor e teólogo. As suas obras são quase as únicas fontes de informação sobre ele próprio. Escrevia tanto em verso como em prosa. Por causa do poema "De um esposo a sua mulher", atribuído à sua autoria, chegou-se a supor que ele pudesse ter sido casado. Porém é certo que ele nunca se ordenou sacerdote, embora tenha vivido no mosteiro de Marselha, desde 426. Até morrer, manteve-se apenas um monge leigo. Também não foi mártir e nem patrocinou prodígio algum. Entretanto a Igreja o venera como "Professor da Fé".
No meio dos sacerdotes marselheses, Próspero viu difundir-se a doutrina herética apregoada por Pelágio, que negava o pecado original e a necessidade da graça divina para a salvação humana. Portanto o ser humano seria capaz de salvar-se apenas praticando o bem e segundo a sua própria vontade, pois a graça divina era importante, mas não indispensável.
Próspero, desde o seu ingresso no mosteiro, tomou parte ativa na luta contra os erros doutrinais divulgados por Pelágio, que os monges marselheses se interessavam em sua propagação. Próspero defendeu e trabalhou pessoalmente com Agostinho, pois tinha o mesmo entendimento que ele sobre a graça divina. Por isso contou a Agostinho que os "marselheses" eram-lhe os novos opositores doutrinais. Instigado, Agostinho escreveu aquela que foi a sua maior obra: "Da predestinação dos santos e dom da perseverança". Agostinho morreu logo após, em 430.
Mas nem mesmo após sua morte as críticas dos "marselheses" à sua doutrina atenuaram. Por isso, um ano depois, Próspero decidiu ir a Roma para pedir a intervenção do papa Celestino I. que mandou uma carta aos bispos da França para que acabassem de vez com as críticas ao grande mestre e doutor da Igreja, Agostinho.
Só então Próspero transferiu-se para Roma, em 435, onde continuou com suas obras. Escreveu um comentário sobre os salmos e, principalmente, sobre seu mestre Agostinho, assentando-lhe a doutrina e corrigindo certos exageros encontrados nos seus textos. Próspero captava com facilidade o pensamento muitas vezes obscuro de Agostinho, devido à sua apurada educação literária e filosófica. Ele próprio se tornou um teólogo de rara grandeza para a Igreja.
A partir de 440, Próspero foi convocado pelo papa Leão Magno para ser seu secretário, exercendo a função até depois de 463, quando faleceu. Deixou um grande número de escritos teológicos eclesiásticos, sempre em resposta às diversas calúnias e objeções à rígida doutrina de Agostinho. Aliás, o conteúdo era tão apurado e preciso que continuaram convencendo também os outros pontífices que se sucederam em Roma durante séculos.
O único indício de homenagem a são Próspero de Aquitânia remonta à Antigüidade, que é uma pintura na igreja de São Clemente, em Roma. Sem dúvida, trata-se deste santo, porque naquela igreja o papa Zózimo, em 417, condenou o "pelagianismo", heresia que o grande teólogo combateu ferrenhamente por meio de suas obras.
Próspero de Aquitânia só foi canonizado no século VIII, por isso foi inserido erroneamente no Martirológio Romano por César Baronio, que o confundiu com o bispo de Régio Emilia, seu homônimo, que foi martirizado pela fé no século VIII.
Motivo pelo qual os dois santos recebem as homenagens litúrgicas no mesmo dia, 25 de junho.
