Nasceu em Roma. Morreu nesta cidade, em 2 de Junho de 657. Tem a sua festa em 2 de Junho. Como o imperador bizantino, Constante II, fez prisioneiro o Papa São Martinho I, desterrando-o, primeiro para Constantinopla e depois para a Crimeia, forçou o clero romano a eleger um novo papa, ainda em vida do pontífice anterior.
Eleito em 10 de Agosto de 654, Eugênio foi sempre o substituto, pois, para todos, o verdadeiro papa, até à sua morte, foi São Martinho, mesmo prisioneiro. Talvez Eugênio I se começasse a sentir o verdadeiro papa quando S. Martinho escreveu, do seu desterro na Crimeia, recomendando aos fiéis e clero de Roma que obedecessem ao «pastor que já lhes havia sido proposto».
No escasso tempo de pontificado teve de enfrentar o patriarca Pedro, de Constantinopla, que lhe propôs um acordo na questão do monolitismo, expondo-o de modo dúbio e inaceitável. Recusou e com essa atitude irritou o imperador, que o julgava mais acessível por ter sido ele a impor a sua eleição,. A sua morte prematura evitou, possivelmente, que tivesse o mesmo destino de São Martinho.
