Margarita Bays nasceu em La Pierraz, paróquia de Siviriez (Friburgo de Suíça), em 8 de Setembro de 1815. Seus pais eram agricultores e bons cristãos. Aos 15 anos aprendeu o oficio de modista, que exerceu a domicilio e nas famílias vizinhas.
Desde muito jovem recebeu como dom do Espírito Santo um grande amor à oração: deixava a miúdo os jogos e os amigos para retirar-se a sua habitação a orar. Passou sua vida na família, dedicada às tarefas domésticas e às costura, criando uma atmosfera de bom humor e de paz entre seus três irmãos e suas três irmãs.
Quando se casou seu irmão mais velho, sofreu a hostilidade de sua cunhada, que a aborrecia com o tempo que passava em oração. Na paróquia foi modelo de laica, cheia de zelo; dedicou seu tempo livre a um apostolado ativo entre as crianças, a quem ensinava o catecismo de acordo com sua idade, formando-os na vida moral e religiosa pessoal.
Preparava com grande solicitude as moças para sua futura missão de esposas e mães; visitava infatigavelmente aos enfermos e moribundos. Os pobres encontravam nela a uma amiga fiel,cheia de bondade. Introduziu na paróquia as Obras missionais e contribuiu a difundir a imprensa católica.
Se fez incansável apóstolo da oração, consciente de sua importância vital para todo cristão. Amava profundamente a Jesus Eucaristia e à Virgem. Vivia continuamente na presença de Deus. Aos 35 anos lhe sobreveio um câncer no intestino, que os médicos não conseguiram deter.
Margarita pediu à Virgem lhe mudasse estas dores por outras que lhe permitissem participar mais diretamente na paixão de Cristo. Em 8 de Dezembro de 1854, no momento em que o Papa Pío IX proclamava em Roma o dogma da Imaculada Conceição, lhe sobreveio uma enfermidade misteriosa que a imobilizava em êxtases todas as sextas-feiras, enquanto revivia no espírito e no corpo os sofrimentos de Jesús, desde Getsemaní até ao Calvário.
Recebeu ao mesmo tempo os estigmas da crucifixão, que dissimulava zelosamente aos olhos dos curiosos. Nos últimos anos de sua vida a dor se fez mais intensa, mas o suportou sem um lamento, abandonando-se totalmente à vontade do Senhor.
Morreu, segundo seu desejo, na festa do Sagrado Coração, em sexta-feira 27 de Junho de 1879, às três da tarde. Em 29 de Outubro de 1995, João Paulo II beatificou a três filhas espirituais de são Francisco: María Bernarda Bütler, María Teresa Sherer e Margarita Bays.