Nasceu para a vida terrena numa Capadócia da Itália, província de Áquila, e durante 15 anos trabalhou como missionário na célebre região da Capadócia, atualmente turca, junto à Armênia, onde nasceu pelo martírio para a vida do céu.
Foi o sexto e último filho de uma família de boa prática religiosa e situação econômica desafogada, devido à atividade comercial do pai. O ambiente familiar profundamente cristão fez germinar e crescer no menino Salvador sentimentos de fé e piedade, e ao mesmo tempo as possibilidades econômicas permitiram-lhe uma preparação e instrução escolar fora do comum.
Aos 18 anos, Salvador apresentou-se ao guardião do convento de São Francisco da Ripa, em Roma, pedindo para ser admitido na ordem dos frades menores. Em 1863 resolveu ir como missionário para a Terra Santa, onde desde os tempos de São Francisco os franciscanos são encarregados de cuidar de santuários e assistir a peregrinos. Continuou na Palestina os estudos de filosofia e teologia, primeiro em Belém e a seguir em Jerusalém, onde foi ordenado sacerdote em 1879. No ano seguinte foi à Turquia; como conhecia diversas línguas orientais, a árabe, a turca e a armênia, desenvolveu um frutuoso apostolado entre os cristãos dessas regiões, sobretudo em Marasc.
Em 1885 voltou à Itália para visitar a família e os confrades, e logo no ano seguinte regressou a Marasc, onde, como superior da missão no quadriênio de 1890-1894 realizou importantes obras de caridade e de assistência social em favor dos fiéis.
Coadjuvado por outros confrades, durante 15 anos a sua ação apostólica não se limitou a atividades religiosas, senão que também fomentou a instrução e a promoção social dos pobres. Graças aos seus extraordinários dotes de inteligência e de coração e ao perfeito conhecimento da língua turca, tanto falada como literária, depressa e sem dificuldade granjeou o afeto dos cristãos e a estima e o respeito dos não cristãos, inclusivamente das autoridades, devido sobretudo aos empreendimentos de ordem social, como o de ter adquirido uma grande propriedade e a ter dotado de alfaias agrícolas e ter aberto um dispensário.
Em 1885 os muçulmanos desencadearam uma perseguição armada, sistemática e feroz contra a minoria armênia da região. Frei Salvador, que havia dezesseis meses era pároco, além de superior da fraternidade, recusou fazer-se muçulmano. Ferido numa perna, e depois feito prisioneiro com dez dos seus paroquianos, foi assediado pelos maometanos, com subornos e com ameaças, no intuito de o fazerem apostatar. Mas manteve-se sempre firme e inquebrantável; e apesar da ferida da perna, que provocava grande perda de sangue, ainda confortava e animava os outros, dizendo-lhes: “Meus filhos, sede fortes na fé, não vos façais muçulmanos. O sofrimento passa depressa, e no céu está à nossa espera Jesus com todos os seus santos. Coragem! Depois do martírio espera-nos a coroa de glória no paraíso”.
No dia 22 de novembro de 1895, junto com sete cristãos armênios seus paroquianos, foi imolado a golpes de baioneta. No dia 3 de outubro de 1982, como conclusão do oitavo centenário do nascimento de São Francisco (1182-1982), o papa João Paulo II proclamava Bem aventurados Salvador Lilli e os sete cristãos seus companheiros no martírio pela fé em Cristo.
