O pai de Mateus Álvares era português, e a mãe japonesa. O filho foi um cristão exemplar já em vida, mas, sobretudo na morte. Pertence ao número imponente dos convertidos japoneses depois da mais antiga experiência de evangelização desse país do extremo Oriente, ligado à história e à glória de São Francisco Xavier.
São Francisco Xavier tinha estado no Japão por volta de 1550, e aí lançara as primeiras sementes do apostolado cristão. Depois dele, a obra evangelizadora foi continuada pelos seus confrades da Companhia de Jesus, com êxito tanto mais surpreendente, quanto era difícil penetrar naquela cultura e mentalidade muito diferente da ocidental, e ainda devido à complexidade da língua japonesa.
Apesar disso, menos de 30 anos depois, em 1587, já se contavam no Japão mais de 200.000 cristãos. Um deles era o Beato Mateus Álvares. Batizado pelos franciscanos, tinha-se inscrito na ordem terceira de São Francisco e esforçava-se por viver segundo o espírito seráfico. Como bom japonês, conhecia perfeitamente as doutrinas e os costumes budistas, e isso permitiu-lhe sair vencedor em variadas discussões e obter numerosas conversões.
Durante certo tempo os missionários do Japão viveram em clima de tolerância e inclusivamente de simpatia. Mas de repente, por motivos diversos e complexos, foi decretada a expulsão dos missionários estrangeiros. Contudo, grande parte dos religiosos não fizeram caso do decreto e continuaram lá, na clandestinidade, prosseguindo com as devidas cautelas o trabalho de apostolado e assistência às comunidades cristãs. Sucedeu que a chegada de novos missionários e o seu proselitismo demasiadamente descarado sobressaltou as autoridades, que decretaram a prisão de todos os missionários e também de cristãos mais notáveis.
Mateus foi detido e levado para a cadeia, onde já encontrou outros cristãos e missionários. Todos sofreram refinadas e humilhantes torturas, entre as quais a de serem expostos à irrisão e escárnio das populações. Eram também solicitados a renegar a fé cristã; mas nem ele nem nenhum dos companheiros desertou. Finalmente a 8 de setembro de 1628 foi executado na colina próxima de Nagasaki, chamada mais tarde a Colina Sagrada. Foi primeiro atravessado com lanças cruzadas que lhe atravessaram o coração, e de seguida decapitado. Antes de morrer dirigiu-se pela última vez ao povo para exortar à perseverança, e aos verdugos para lhes declarar o seu perdão.
Sobre a Colina Sagrada, ou Colina dos Mártires, de Nagasaki, erguia-se um estandarte não de derrota, mas de perene vitória.
