Germano nasceu numa família gaulesa eminente, recebeu uma boa educação na Gália e estudou direito em Roma, onde se casou com Eustáquia. O Imperador Flávio Honório enviou-o de volta a sua terra como prefeito (praefectus, com funções administrativas e/ou militares). Na Gália tornou-se clérigo e foi professor de São Patrício, futuro apóstolo da Irlanda. Em 418 foi nomeado bispo de Auxerre.
Num sínodo celebrado na Gália em 429, Germano foi encarregado de viajar à Britânia junto com Lupo, bispo de Troyes, para combater a heresia do palagianismo. Voltou à Britânia em 444, com o mesmo objetivo. Conta-se que, na segunda expedição, Germano ajudou os britânicos a vencer ataques de pictos e saxões com o grito de guerra "Aleluia". Os relatos sobre esta visita são fontes importantes de informação sobre a Britânia pós-romana.
Para evitar uma incursão punitiva de Flávio Aécio na Armórica (Bretanha), cujos habitantes haviam se rebelado, Germano viajou em 447 a Ravena, na Itália, então sede imperial, para entrevistar-se com Gala Placídia e seu filho Valentiniano. Germano conseguiu assim obter o perdão aos habitantes da Armórica. Morreu em Ravena em 448.
A principal fonte sobre sua vida é a hagiografia escrita por um aluno seu, Constâncio de Lyon, em 480.
É o santo padroeiro de Auxerre e é venerado em várias localidades na França e Grã-Bretanha. Em sua terra natal, a Abadia de Saint-Germain d'Auxerre guarda sua tumba. Em Paris, a Igreja de Saint Germain l'Auxerrois, localizada em frente ao Museu do Louvre, também é dedicada a ele.
Abadia de São Germano
São Germano de Auxerre, rogai por nós.