O santo confessor São Paphuncius era um egípcio que após passar vários anos no deserto sob a direção do grande Santo Antônio, foi feito bispo de Thebaid. Ele era um dos confessores que durante a perseguição do Imperador Maximinus (310-313) teve o seu o olho direito arrancado, ficou paralítico de uma das pernas e depois enviado para trabalhar nas minas.
Por milagre não morreu nas minas e com morte de Maximinus, o Imperador Constantino (313-337) restaurou a paz com a Igreja e Pafúncio retornou ao seu rebanho, passando o resto de sua vida com as marcas gloriosas de seu sofrimento em nome do Mestre Crucificado. Ele era um dos mais zelosos em defender a fé católica contra a heresia Ariana e muito conhecido pela sua santidade.
Como um dos havia assumido sua fé sem renega-la mesmo ante seus perseguidores e as mais terríveis torturas ele, era uma figura respeitada no primeiro Consilho Geral da Igreja, reunido em Niceia em 325.
Pafúncio, um homem que tinha observado estrita continência durante toda a sua vida é dito como tendo se distinguido entre os membros do Consilho pela oposição ao celibato do clero. Ele dizia que bastava seguir a antiga tradição da Igreja que proibia o casamento somente após a ordenação. Deste dia até hoje é a Lei da Igreja Oriental, onde os católicos ou ortodoxos, que são casados podem ser ordenados e continuarem a viver com suas esposas.
São Pafúncio é as vezes chamado de "O grande" para distingui-lo dos outros santos de mesmo nome. São Pafúncio que teve o privilégio de enterrar Santo Onofre (Onouphrius)e foi ele que contou a sua história. Ele teria falecido em torno de 350.