Carlos Espínola nasceu em 1564, não se sabe bem se em Gênova ou em Praga, para onde seu pai foi enviado a serviço do imperador Rodolfo, em cujo palácio o menino passou a infância. Estudou teologia em Milão e matemática em Roma.
Partiu para as Índias, mas durante a viagem, os ingleses interceptaram o navio em que Carlos estava e levaram todos os passageiros presos para Londres. Dois anos depois, em 1599, os prisioneiros estavam em Goa, sendo levados depois para Macao e, finalmente, em 1602, rumaram para Nagasaki, no Japão. Carlos exerceu inicialmente seu ministério no Colégio de Kioto, onde foi preso durante a grande perseguição realizada pelos shoguns.
Ficou detido durante quatro anos com outros cristãos numa prisão onde sofriam torturas com requintes de crueldade. Ela era composta de celas expostas ao vento e ao sol, ao calor do verão e aos rigores do inverno. Os prisioneiros, amontoados uns sobre os outros, eram abandonados aos horrores da fome, da nudez e das infecções. O beato Carlos viu seus companheiros morrerem uns após os outros, e novos prisioneiros não paravam de chegar.
Foram, em seguida, conduzidos a Nagasaki, à colina dos mártires, onde outros cristãos já haviam sido crucificados. Vinte e cinco estacas foram ali colocadas para os que nelas seriam amarrados e queimados. Depois trouxeram cristãos japoneses condenados a serem decapitados, dentre os quais havia crianças de quatro, sete e doze anos. Colocaram suas cabeças diante dos que iriam morrer queimados. Os materiais inflamáveis eram colocados a dois metros das estacas para que o suplício fosse mais lento, para que os mártires fossem consumidos pelo calor.
