Nasceu em Ortopesa, Toledo (Espanha). Era o ano de 1500 e seus pais, católicos fervorosos, puseram-lhe o nome de Afonso ou Alonso em honra de Santo Ildefonso, que tinha sido defensor da virgindade de Maria. Estudou em Talavera de la Reina e serviu como menino de coro na Catedral de Toledo. Teve a música como grande paixão ao longo da sua vida.
Enviado a Salamanca para continuar os seus estudos, sentiu-se atraído pelo ambiente de santidade do convento dos Agostinianos, tendo entrado na Ordem, onde fez os primeiros votos em 1523, sendo prior do convento São Tomás de Vilanova.
Depois de ordenado sacerdote, foi nomeado pregador da Ordem, ocupando ainda vários cargos como os de prior e definidor da Província de Castela, a que pertencia. Era duro consigo mesmo, mas cheio de compreensão para com os outros. Pretendeu ser missionário no México, mas o seu estado de saúde não lho permitiu, apesar de ter começado a viagem, em 1547.
Quando era superior do convento de Valladolid, foi nomeado pregador real do imperador Carlos V, depois também de Filipe II, tendo, por esse motivo, transferido a sua residência de Valladolid para Madrid, pois a sede da corte também fora transferida para esta Cidade. Estava-se em 1560. Passou a viver no convento agostiniano, conhecido com o nome de São Filipe, o Real.
Dotado de uma extraordinária popularidade mesmo nos ambientes mais diversos, conseguia aproximar-se de todos, sem distinção. Mereceu a estima do Rei, dos nobres e de grandes personagens da época. A Infanta Isabel Clara Eugénia deixou o seu testemunho favorável no processo de canonização; os escritores Francisco de Quevedo e Lope de Vega fizeram o mesmo.
O conjunto das cartas que escreveu e recebeu mostra a amplitude das suas relações sociais; mas também o povo simples e humilde o estimava e admirava o seu estilo de vida; ele a todos ajudava nas suas dificuldaes materiais e morais; gostava ainda de visitar os doentes nos hospitais, bem como os encarcerados.
Apesar de ter fama de uma vida de santidade, pelo que o chamavam "o santo de São Filipe", ele não se sentia confirmado na graça, nem experimentou a vida como um mar de rosas. Com os escrúpulos a atormentarem-lhe o espírito, sentiu fortemente a tentação de abandonar a vida religiosa no período da sua formação; sentiu os atractivos do amor natural, da liberdade, a dificuldade da solidão e o temor das asperezas da vida religiosa.
Escreveu várias obras em língua latina e na castelhana, distinguido-se: Vergel de oración e monte de contemplación, (1544), Desposorio espiritual (1551), Las siete palabras de la Virgen (1556), Bonum certamen (1562), Arte de amar a Dios e al próximo (1568), La corona de Nuestra Señora (1588). Os seus escritos de carácter ascético-místico ressentem-se da sensibilidade da contra-reforma, própria da época, e neles são abundantes as expressões afectivas. Grande devoto de Maria, sentia-se impelido por Ela a escrever.
Dedicou-se, de modo particular, a espalhar o seu amor pela Ordem em que professara, interessou-se pela sua história e espiritualidade, compondo várias obras sobre esses temas: "Intruções para os religiosos", um "Comentário à Regra" e a "Crónica do Glorioso padre e doutor Santo Agostinho, dos santos e beatos e dos doutores da Ordem" são exemplos disso.
Renunciou a todos os privilégios que podia auferir da sua posição de pregador régio, participando assiduamente nos actos da comunidade e tendo o comportamento de um simples frade. Fundou ainda dois conventos de agostinianos e três de monjas agostinianas de clausura, transmitindo a todos um testemunho de amor pela vida contemplativa.
Morreu em Madrid a 19 de Setembro de 1591, no Colégio de D. Maria de Aragão, que ele próprio fundara. Foi beatificado por Leão XIII em 1882. Os seus restos mortais conservam-se no Mosteiro das Agostinianas em Madrid, chamado do Beato Afonso de Orozco.
